Mặc dù có nhiều tiềm năng để phát triển, tuy nhiên, hạ tầng thương mại biên giới Việt Nam - Campuchia cũng đang tồn tại nhiều thách thức, hạn chế cản trở sự phát triển.
Nhiều siêu thị miễn thuế (STMT) ở các khu thương mại cửa khẩu Mộc Bài, Tịnh Biên đang đối mặt với việc chuẩn bị phải ngưng hoạt động hoặc chuyển đổi công năng.